Grande conhecedor da ciência, Beakman diz que não sabe tudo, que apenas sabe como encontrar as respostas. Dono de um diferente corte de cabelo e um guarda-pó verde, o cientista conta com o auxílio de quatro ajudantes, os quais variam durante as quatro temporadas: Lester, Josie, Phoebe e Liza.

Lester é um rato de laboratório, destinado a ajudar Beakman com suas experiências, muitas vezes servindo de cobaia. Josie, Phoebe e Liza são responsáveis por ajudar o patrão a responder as dúvidas dos fãs através de experimentos (que poderiam ser realizados em casa). As três, ainda, gostam de importunar o pobre Lester.

Durante o programa surgem diversos personagens, entre eles, Beakmãe, a mãe de Beakman, que aparece eventualmente para dar conselhos. Além dela, aparece também Meekman, o irmão do maluco cientista. Quase sempre, durante suas experiências, a fim de explicar a origem de muitas coisas, Beakman se fantasia de cientistas e estudiosos já mortos, para ilustrar melhor suas ideias. Entre eles: Albert Einstein, Isaac Newton, Bernoulli, Alexander Graham Bell, Charles Darwin e Benjamin Franklin.

O programa de Beakman tem dois telespectadores muito fiéis: os pinguins Don e Herb, que moram no polo sul e fazem comentários sobre as experiências. Eles não têm nenhuma ligação direta com a série, apenas representam dois fãs de Beakman e sua equipe.